Proteger PDF es una forma de bloquear un PDF con contraseña, para así conseguir que esté protegido contra copia y escritura (lo que también se conoce como hacer el documento no editable).
Si vas a presentar un trabajo, un currículum, o un documento sobre el que no deseas que se puedan hacer cambios, proteger PDF es lo que te permite que el fichero quede bloqueado con contraseña de forma segura. Así, el archivo original no se podrá editar.
Por supuesto, siempre existirá alguna forma de conseguir hacer un duplicado del archivo, para poder hacer modificaciones en él, pasando por algo tan común como desbloquear el PDF. Al fin y al cabo, puede haber ocasiones en las cuales necesites, sí o sí, editar el documento para hacer algún cambio.